Como la biotecnología comprende conocimientos de distintas áreas de la ciencia, como fisiología vegetal, celular y molecular, inmunología, bioquímica… podemos considerar tres etapas conceptuales, relacionadas con los avances de conocimientos en estas ciencias:

1. Biotecnología tradicional: es la que no tiene base científica. Se puso en práctica en Mesopotamia con el vino en el 5000-4000 ac; con la fabricación de la cerveza por los sumerios en el 6000 a.c, o la fabricación del pan en 4000-3000 a.c gracias a los egipcios.
2. Biotecnología clásica: es la considerada de los siglos XIX- XX cuando empiezan a entenderse los procesos de la biotecnología tradicional. Implica, por ejemplo, la regeneración de plantas a partir de partes de ellas mismas.
3. Biotecnología moderna: desde 1970 donde se conoció la tecnología del ADN recombinante, que consiste en una molécula de ADN artificial formada de manera deliberada in vitro por la unión de secuencias de ADN y que proviene de dos organismos de especies diferentes que normalmente no se encuentran juntos.

Clásica	Moderna
Se conoce desde los principios de la humanidad. Iniciada con el desarrollo de la agricultura (domesticación: transformación de las especies silvestres en cultivables, implica una selección artificial). Se eligen las mutacionesbeneficiosas para nosotros, no con ventajas evolutivas	Se inicia con la aplicación de técnicas del DNA recombinante.
Se cruzan genomas completos de las especies seleccionadas. Se generarán individuos con una característica de interés concreta.	Se trabaja con uno o varios genes. Estos genes son transferidos a variedades a las que queremos añadir dicho gen.
La generación de la variabilidad genética se realiza a través del cruzamiento y selección posterior. Este proceso es difícil y engorroso; no es sencillo que se transfieran todos los genes que queremos.	Se obtienen menos individuos, por lo que el proceso de selección es mucho más fácil, y además la adición de genes aumenta la variabilidad.
Es óptima para el manejo de características que dependen de la interacción entre muchos genes (clonar 20 genes es complicado).	Ofrece mejoras para caracteres que dependen de uno o varios genes.

Estas etapas conceptuales de la biotecnología no son excluyentes, sino complementarias ya que en las investigaciones actuales primero hay un proceso de selección mediante la clásica y una vez encontrada una variedad interesante con la que trabajar, se aplica la biotecnología moderna.